Cụm di tích trên quê nội (Lý Học, Vĩnh Bảo)

Cuối năm 2000, nhân kỷ niệm 415 năm ngày mất của Trạng Trình, Ủy ban nhân dân Thành phố Hải Phòng cho khởi công xây dựng dự án nâng cấp tạo dựng cả một vùng rộng lớn thành quần thể "Khu di tích danh nhân văn hóa Nguyễn Bỉnh Khiêm" tại thôn Trung Am, xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo với nhiều hạng mục công trình: Đền thờ Nguyễn Bỉnh Khiêm với ba gian tiền đường, hai gian hậu cung, phía trước có hai hồ nước tượng trưng cho trời và đất, bức hoành phi trong đền ghi 4 chữ "An Nam Lý Học"; Khu vực hồ Thái Nhâm phía trước đền thờ, trên khoảng đất nhỏ giữa hồ có cầu bắc qua còn lưu giữ tấm bia đá làm năm Vĩnh Hựu thời Lê Trung Hưng (1736) ghi lại việc làm đền thờ Trạng và tên những người đã đóng góp xây dựng đền; Ngôi nhà ba gian lợp cói dựng phía sau đền, mô phỏng am Bạch Vân, nơi Nguyễn Bỉnh Khiêm sau khi từ quan về dạy học; Quần thể vườn tượng, với kích thước tương đương người thật, diễn tả lại cuộc đời, cảnh dạy học khi xưa của Trạng Trình, tạo nên một khung cảnh gần gũi và sống động với du khách; Phần mộ cụ Nguyễn Văn Định, thân phụ của Trạng Trình (riêng phần mộ của Trạng Trình đến nay vẫn chưa có thông tin chính thức về địa điểm cụ thể); Nhà trưng bày về thân thế và sự nghiệp của Nguyễn Bỉnh Khiêm; Quán Trung Tân, nơi lưu giữ quan niệm mới về chữ "Trung" hướng lòng theo "Chí Trung Chí Thiện"; Khu vực tượng đài Nguyễn Bỉnh Khiêm bằng đá granit cao 5,7m, nặng 8,5 tấn cùng hai bức phù điêu diễn tả lại cuộc đời sự nghiệp của Trạng Trình và lịch sử của địa phương, phía trước tượng đài là hồ bán nguyệt rộng 1.000m²; Chùa Song Mai, Nhà thờ tổ là nơi thờ bà Minh Nguyệt, người vợ thứ ba của Trạng Trình đã từng tu hành tại đây; Tháp Bút Kình Thiên với ngụ ý ca ngợi công đức Trạng Trình như cột trụ chống trời. Khu di tích được xây dựng khang trang đã trở thành điểm du lịch văn hóa lớn của TP. Hải Phòng.

Ngày 7 tháng 1 năm 2016 (tức ngày 28 tháng 11 năm Ất Mùi), tại Khu di tích Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm thuộc xã Lý Học, huyện Vĩnh Bảo, UBND Thành phố Hải Phòng đã trọng thể kỷ niệm 430 năm ngày mất của ông và đón nhận bằng xếp hạng Di tích quốc gia đặc biệt do Chính phủ trao tặng.

Cụm di tích trên quê ngoại (Kiến Thiết, Tiên Lãng)

Nằm cách không xa quần thể khu di tích và đền thờ Nguyễn Bỉnh Khiêm trên quê nội của ông là cụm di tích nằm trên quê ngoại tại thôn Nam Tử, xã Kiến Thiết, huyện Tiên Lãng. Cụm công trình bao gồm đình Đông, khu nhà thờ họ Nguyễn Nhữ, khu mả Nghè (phần mộ vợ chồng Tiến sĩ Thượng thư Nhữ Văn Lan và con gái Nhữ Thị Thục), nhà thờ họ Nhữ tộc liền kề.